O Porto Itapoá agora pode se considerar alfandegado pela Receita Federal, já que as instalações portuárias de uso privativo misto estão alfandegadas a título permanente e por prazo indeterminado. A resolução vale para a movimentação e a armazenagem de mercadorias em contêineres, próprias ou de terceiros, provenientes do e destinadas ao comércio internacional.

A Antaq (Agência Nacional de Transportes Aquaviários) também autorizou o terminal a operar e ele fopi habilitado ao tráfego marítimo internacional. De acordo com as resouções, a fiscalização aduaneira será exercida ininterruptamente, estando o porto autorizado a realizar as operações aduaneiras. O terminal ficará sob a jurisdição da Alfândega da Receita Federal do Brasil no Porto de São Francisco do Sul, que poderá estabelecer regras, condições e exigências, bem como rotinas operacionais que se fizerem necessárias ao controle fiscal.